Voor het begin van de jaartelling was het gebied van de huidige gemeente Epe bewoond. Er zijn veel prehistorische vondsten en aanwezige grafheuvels uit de nieuwe steentijd (4000-1700 voor Christus). De naam Epe is volgens o.a. Van Berkel en Samplonius afgeleid van een vroeg-Germaans of misschien zelfs vóór-Germaans woord *apa, dat “waterloop” betekent. Het oudste document waarin de naam van het dorp “de Ape” voorkomt, dateert uit het jaar 1176.
Epe had van 2 september 1887 tot 8 oktober 1950 een spoorwegstation aan de Baronnenlijn tussen Apeldoorn en Zwolle, station Epe.